Počas sezóny vykonávajú pracovníci RÚVZ na kúpaliskách štátny zdravotný dozor. Realizujú kontrolu a zisťujú nedostatky kvality vody, uskutočňujú opatrenia a sankcie, až po zákaz kúpania. Súčasťou činnosti je informovanie verejnosti o aktuálnej situácii. Prevádzkovateľ je zodpovedný za kvalitu vody na kúpalisku, jej kontrolu, zároveň je povinný predkladať výsledky rozborov RÚVZ a plniť povinnosti uložené platnými predpismi. Medzi riziká kúpania sa v nevyhovujúcej vode na umelých kúpaliskách patria baktérie a vírusy, spôsobujúce najmä hnačkové ochorenia, zápaly očných spojiviek, vírusovú hepatitídu typu A, ďalej sú to mikroskopické huby, plesne a kvasinky, ktoré vyvolávajú dermatitídy, urologické a gynekologické infekcie. Premnoženie améb spôsobuje ochorenie črevného traktu, ale aj zápaly mozgu, mozgových blán a zvýšený výskyt legionel vyvoláva legionelózu (forma ťažkého zápalu pľúc). Na prírodných kúpaliskách ohrozujú rekreantov sinice, ktorých toxíny spôsobujú najmä u detí alergické reakcie – dýchacie problémy, kožné vyrážky či konjuktivitídu, po prehltnutí nevoľnosť, zvracanie a hnačky. Na voľných vodných plochách môže ohrozovať kúpajúcich sa aj leptospiróza, ktorú prenášajú najmä hlodavce.
